ระบบการทำงานของโปรแกรม Open Journal System เป็นระบบที่สามารถติดตั้งและควบคุมได้เองโดยอิสระ กองบรรณาธิการสามารถกำหนดความต้องการเกี่ยวกับกรอบการทำงานได้ สำหรับขั้นตอนการส่งบทความและการจัดการเนื้อหาสามารถดำเนินการได้แบบออนไลน์ และโมดูลการบอกรับเป็นสมาชิก (subscription module) พร้อมกับตัวเลือกสำหรับการเข้าถึงวารสารและบทความ การจัดทำดัชนีเพื่อการค้นหาเนื้อหา นอกจากนั้นยังมีเครื่องมือช่วยสำหรับการอ่านและค้นหาเนื้อหา พร้อมการแจ้งข้อความผ่านทางอีเมล และการส่งข้อคิดเห็นจากผู้อ่านได้ด้วย